A principios del siglo XVI, Nicoya era la capital del reino de Nicoya y el principal centro demográfico de la cultura chorotega, grupo prehispánico que se ocupaba toda la provincia de Guanacaste y buena parte de Nicaragua; zona que se distinguía por el activo comercio y una posición geográfica privilegiada.

La dominación española se implantó en Nicoya en el decenio de 1520, despues de ser visitada por Gil González Dávila y el cronista Gonzalo Fernández de Oviedo. Este episodio tuvo consecuencias nefastas para sus moradores, quienes se vieron sometidos a esclavitud y diezmados por la explotación y las enfermedades.

Las autoridades españolas trasladaron la población del lugar hoy llamado Nicoya Vieja a su actual emplazamiento y la convirtieron en capital del Corregimiento y Alcaldía Mayor de Nicoya, y en 1787 pasó a ser cabecera del Partido de Nicoya. En 1824 la población se convirtió en el foco de atención política, cuando un grupo de habitantes encabezados por el Jefe Político Subalterno Manuel Briceño acordaron en cabildo abierto la anexión del Partido de Nicoya a Costa Rica, de conformidad con una invitación remitida por las autoridades costarricenses.

La cercana población de Santa Cruz también declaró la anexión. Por el contrario, la población de Guanacaste (hoy Liberia) decidió mantenerse unida a Nicaragua y no se incorporó a Costa Rica sino hasta 1826, con base en una disposición del Congreso federal centroamericano.

En la actualidad Nicoya es un ajetreado centro comercial y de servicios: posee uno de los dos hospitales de la provincia (Hospital de la Anexión), y es un nudo de transporte que conecta a diversos centros turísticos de la costa sur de Guanacaste, como Sámara y Nosara, que crece cada vez más con la expansión turística y con las facilidades que permite el moderno Puente sobre el río Tempisque, que facilita por mucho el tránsito hacia el resto del país.